L'Institut de Recerca de l'Hospital de la Santa Creu i Sant Pau és una fundació privada creada el 4 de juny de 1992. Es tracta d’una fundació de caire científic que té per objectiu promoure la recerca bàsica, clínica, epidemiològica, i de serveis sanitaris en el camp de les ciències de la salut i la biomedicina amb un objectiu final de contribuir a la millora de la salut de la població.

El Patronat és el màxim òrgan de govern i està format, entre d’altres institucions, per la Fundació de Gestió Sanitària de l’Hospital de la Santa Creu i i Sant Pau, la Fundació Privada de l’Hospital de la Santa Creu i Sant Pau, la Universitat Autònoma de Barcelona, el Consorci Sanitari de Barcelona, i l'Acadèmia de Ciències Mèdiques de Barcelona.

Entre les funcions més generals l’Institut de Recerca canalitza les demandes i necessitats de la comunitat científica, vetlla per l’equitat en l’assignació de les necessitats dels investigadors (espais, recursos personal, recursos materials) i promou la difusió dels resultats de la recerca a la pràctica clínica. Entre les funcions de l’Institut a nivell més operatiu està gestionar els contractes i convenis, facilitar informació i assessorament, tramitar i fer el seguiment dels ajuts públics i privats destinats a recerca i subministrar serveis i equips d’alta tecnologia.

El 10 de desembre de 2003 el Departament d’Universitats, Recerca i Societat de la Informació aprovà l’adscripció de l’Institut de Recerca de l'Hospital de la Santa Creu i Sant Pau com a Institut Universitari de Recerca a la Universitat Autònoma de Barcelona. L’òrgan de coordinació, planificació i seguiment de les activitats és la Comissió Mixta composada per 3 representants de la UAB i 3 de la Fundació Institut de Recerca.

En l’actualitat l’Institut de Recerca, a proposta del Patronat, està elaborant un Pla Estratègic de Recerca pels propers 5-6 anys, que serveixi de punt de partida per endegar un conjunt d’accions de modernització de l’estructura de recerca que li permeti garantir una viabilitat econòmica i un ajust ràpid a les noves oportunitats de recerca que s’estan produint en l’àmbit català, espanyol i europeu.