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Entre las funciones más generales el Institut de Recerca canaliza las demandas y necesidades de la comunidad científica, vela por la equidad en la asignación de las necesidades de los investigadores (espacios, recursos personal, recursos materiales) y promueve la difusión de los resultados de la investigación en la práctica clínica. Entre las funciones del Instituto a nivel más operativo está gestionar los contratos y convenios, facilitar información y asesoramiento, tramitar y hacer el seguimiento de las ayudas públicas y privadas destinadas a investigación y suministrar servicios y equipos de alta tecnología.
El 10 de diciembre de 2003 el Departamento de Universidades, Investigación y Sociedad de la Información aprobó la adscripción del Institut de Recerca del Hospital de la Santa Creu i Sant Pau como un Instituto Universitario de Investigación en la Universidad Autónoma de Barcelona. El órgano de coordinación, planificación y seguimiento de las actividades es la Comisión Mixta compuesta per 3 representantes de la UAB y 3 de la Fundación Institut de Recerca.
En la actualidad el Institut de Recerca, a propuesta del Patronato, está elaborando un Plan Estratégico de Investigación para los próximos 5-6 años, que sirva de punto de partida para componer un conjunto de acciones de modernización de la estructura de investigación que permita garantizar una viabilidad económica y un ajuste rápido a las nuevas oportunidades de investigación que se están produciendo en el ámbito catalán, español y europeo.